杀菌剂形成药害有多种原因。首要,一般水溶性较强的药剂易发生药害。其次,不同作物对药剂的灵敏性也不同,例如波尔多液正常情况下不会形成药害,但对铜灵敏的作物也会发生药害,豆类、马铃薯、棉花则对石硫合剂灵敏。再者,作物的不同成长发育阶段对药剂的反响也不同,一般麦苗和孕穗开花阶段易发生药害。
杀菌剂不少为碱性农药,故不能与遇碱性物质易分化失效的杀虫剂混用,如波尔多液、石硫合剂等呈碱性。还有一些杀菌剂如多菌灵不能与波尔多液、石硫合剂、托布津等杀菌剂混用,否则会形成杀虫(菌)微生物损失生理活性和杀虫(菌)才能而失效。